Según sea la naturaleza de la sustancia sobre la que vive el hongo, éstos se dividen en:
Fimícolas o coprófilos
Viven sobre excrementos y necesitan a veces sustratos en fermentación y temperaturas elevadas para su fructificación: Coprinus, Panaeolus, Peziza, Poronia punctata…
Humícolas
Viven sobre restos vegetales en descomposición, humus. A este grupo pertencen la mayoría de los macromicetos saprófitos.
Lignícolas
Sobre madera muerta, ramas, tocones (Polyporus, Mycena, Oudemansiella, Pluteus…).
Terrícolas
Viven sobre tierra sin vegetación y sin humus. Son propios de taludes y bordes de caminos (Omphalina).
Pratícolas
Viven sobre la hierba, pero es difícil saber si son saprófitos o micorrízicos. Un ejemplo es Marasmius epidryas sobre las raíces de Dryas octopetala.
Folícolas
Viven sobre las hojas, desarrollando el micelio dentro de las nerviaciones y el limbo de las mismas. Ejemplo es Marasmius hedera que crece sobre las hojas de la hiedra, Marasmius epiphyllus sobre hojas de roble, Marasmius hudsonii sobre las hojas del acebo, Marasmius buxi sobre las hojas de boj.
Pirófilas
Viven sobre terrenos que han sido quemados (Peziza violacea, Peziza praetervisa, Anthracobia melaloma, Hebeloma anthracophilum, Pholiota highlandensis...) .
Cortícolas
Viven sobre la corteza tanto de árboles caducifolios como de coníferas (Mycena alba, Mycena supina, Mycena meliigena o Mycena corticola, Phaeomarasmius erinaceus).
Algunos hongos saprófitos presentan un hábitat exclusivo en fragmentos pertenecientes a determinadas especies vegetales: Mycena seynesii y Baeospora myosura sobre piñas de Pinus sylvestris y/o Pinus pinaster; Rutstroemia echinophila sobre cúpulas en descomposición de castaño. Las especies del género Onygena (Ascomycetes) se desarrollan sobre las pezuñas de caballo o los cuernos de buey o de cabra (Onygena equina), sobre las plumas de ave (Onygena corvina) o sobre los pelos de los roedores (Onygena pilifera).
Hongos parásitos
Los hongos parásitos viven o colonizan animales, vegetales u otros hongos sobre los que provocan enfermedades e
incluso la muerte o simplemente viven a expensas de ellos. Se pueden distinguir tres tipos de hongos parásitos:
Hongos que parasitan a los árboles
Bien provocando una podredumbre blanca atacando más a la celulosa (por el hidrato de carbono) que a la lignina, o bien provocando la podredumbre pardo-rojiza o marrón, degradando solamente la celulosa, más asociada a los bosques de coníferas. Numerosos hongos parásitos viven sobre el tronco aprovechando una herida del árbol para infiltrarse. Este es el caso de Cerioporus squamosus, Laetiporus sulphureus, Fomitopsis betulina.
Hongos que parasitan a los animales
Los hongos no perdonan a ningún organismo y todos los animales, el hombre, los vertebrados, los invertebrados, los insectos y los protozoos son parasitados.
Hongos que parasitan otros hongos
Existen mohos parásitos de los hongos y auténticos macromicetos que crecen sobre los carpóforos de los hongos.
Hongos micorrizógenos o simbióticos
En el suelo el micelio se alimenta descomponiendo las sustancias orgánicas existentes o bien estableciendo una relación particular de cooperación recíproca con las plantas verdes, es decir, los árboles, las hierbas y los helechos. La relación entre los hongos y la raíz de las plantas verdes constituye un tipo particular de simbiosis denominada micorriza o simbiosis micorrízica.
Las micorrizas se distinguen en base a diferencias morfológicas y anatómicas, y en base a los taxones de plantas y de hongos implicados, siete tipos de micorrizas diferentes, aunque haciendo una simplificación podemos englobar estos siete tipos en tres grandes grupos: endomicorrizas, ectomicorrizas, y ectendomicorrizas.:
Ectotróficas o ectomicorrizas (Suillus, Cortinarius, Rhizopogon, Cenococcuym, Thelefora, Pisolithus).
Formadoras de manto
Forman manto que cubre la raíz
Hifas intercelulares - red Hartig
Hongo de micelio septado
Endotróficas o endomicorrizas (Acaulospora, Entrophospora, Gigaspora, Glomus, Sclerocystis y Scutellospora.)
Formadoras de manto
Desarrollo dentro de la raíz
Hifas externas no formadoras de manto
Micelio no septado salvo hifas viejas
Hifas enter e intraclulares (Vesículas y arbúsculos)
La planta huésped tiene un periodo de vida heterótrofo y para sobrevivir necesita ser infectada por un hongo micorrícico.
La infección del húesped por el hongo puede evolucionar a micorriza o a parasitismo.
Ectendomicorrizas
(Endogone.)
Se definen por presentar afinidades con los dos tipos de micorrizas vistos con anterioridad. Concurren las características de las ectomicorrizas al tiempo que hay penetración al interior de las células corticales por hifas septadas.
Los líquenes, son asociaciones de hongos y algas verdes que estructural y fisiológicamente son diferentes de cualquiera de los dos organismos en su vida independiente. Tanto los hongos como las algas no podrían sobrevivir en condiciones ambientales adversas de manera independiente.
Por su aspecto externo:
Crustáceos; viven íntimamente unidos a la superficie de las rocas o de las cortezas,
Foliáceos; de forma aplanada y lobulada, se fijan al sustrato por medio de unos cordones especiales de hifas llamadas rizinas,
Fruticulosos; tienen forma de arbusto y se fijan al sustrato por una base muy estrecha.
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